Center za elektronsko mikroskopijo in mikroanalizo (CEMM) je infrastrukturna enota Instituta Jožefa Stefana, ki združuje analitsko opremo na področju elektronske mikroskopije in mikroanalize, ki je nujna za izvajanje razvojno-raziskovalnega dela odsekov IJS. Dostop do raziskovalne opreme CEMM imajo tudi druge raziskovalne institucije in univerze. Uporabniki raziskovalne opreme CEMM so predvsem tisti raziskovalci, ki jih zanima celovita strukturna in kemijska karakterizacija anorganskih materialov s številnimi komplementarnimi metodami elektronske mikroskopije in sicer na mikronskem, nanometrskem in atomarnem nivoju.
Center za elektronsko mikroskopijo in mikroanalizo zagotavlja uporabnikom dostop do opreme na področju vrstične in presevne elektronske mikroskopije, kot tudi na področju priprave vzorcev. Med dejavnosti Centra spada izvajanje storitev za zunanje naročnike, uvajanje novih analitskih tehnik elektronske mikroskopije, izobraževanje novih operaterjev na opremi CEMM, organiziranje strokovnih delavnic in srečanj na temo elektronske mikroskopije. Center nadalje izvaja akcije za popularizacijo področja elektronske mikroskopije v okviru obiskov, ki jih organizira IJS ter preko objav v klasičnih in digitalnih medijih.